Álex Márquez lideró los entrenamientos para el Gran Premio de MotoGP de Malasia. El piloto español fue uno de los más rápidos desde el principio y confirmó la posición de liderazgo, siendo uno de los dos en dar una vuelta en 1m57s, junto con Jorge Martín.
Después de las primeras vueltas rápidas, el liderato estaba con Marc Márquez (Repsol Honda), por delante de su hermano Álex Márquez (Gresini/Ducati) por solo 44 milésimas. Las posiciones se invirtieron en los segundos intentos, mientras que Johann Zarco (Prima Pramac/Ducati) se colocó tercero pero luego fue superado por su compatriota Fabio Quartararo (Monster Energy Yamaha). En los primeros diez minutos, Aleix Espargaró (Aprilia) se cayó sin mayores consecuencias.
Alrededor de 20 minutos después del inicio de la sesión, apareció un nuevo líder: Martín (Prima Pramac/Ducati) fue 0.182s más rápido que Álex Márquez. Momentos antes, Miguel Oliveira (CryptoDATA RNF MotoGP Team/Aprilia) había alcanzado las cinco primeras posiciones, donde más tarde también se uniría Maverick Viñales (Aprilia).
A unos 15 minutos antes de la bandera a cuadros, Zarco mejoró y quedó a solo siete milésimas de Martín, y Quartararo subió al tercer puesto. Pero Brad Binder (Red Bull KTM) fue el más rápido en esta etapa… por poco tiempo, antes de que Quartararo fuera 0.094s más rápido. No resignado, el sudafricano recuperó el liderato poco después. Mientras tanto, Aleix Espargaró (Aprilia) sufrió su cuarta caída del día.
La situación en la tabla de tiempos no duró mucho, ya que Álex Márquez volvió a tomar el liderato. Sin embargo, aún quedaba mucho tiempo y solo en los últimos dos minutos aparecieron las mejores vueltas. Martín fue el primero en entrar en 1m57s, pero al final fue Álex Márquez quien marcó el ritmo al superar a su compatriota por 0.174s.
Red Bull KTM tuvo un buen desempeño, con Jack Miller en tercer lugar y Brad Binder en cuarto, mientras que Viñales terminó quinto. Bagnaia, el líder del campeonato, solo pudo lograr el octavo puesto, pero aún aseguró un lugar directo en la segunda fase de clasificación. El último en lograr esto fue Zarco, quien terminó décimo, solo 84 milésimas por delante de Morbidelli. Entre los pilotos relegados a la Q1 se encuentran ambos pilotos de Repsol Honda, Marc Márquez y Joan Mir, así como Enea Bastianini (Ducati) y Aleix Espargaró.