Riccardo Rossi se destacó como el líder en la sesión de clasificación Q1 de Moto3 en el GP de Japón. Como resultado, el italiano fue uno de los últimos cuatro pilotos en asegurar un lugar en la batalla por la pole position en Motegi.
Después de las primeras vueltas rápidas, Taiyo Furusato (Equipo Honda Asia) era el líder, seguido de Scott Ogden (Equipo VisionTrack Racing/Honda), Mario Aji (Equipo Honda Asia) y José Antonio Rueda (Red Bull KTM Ajo). Sin embargo, varios pilotos solo registraron sus primeros tiempos de vuelta más tarde.
Filippo Farioli (Red Bull KTM Tech3) se colocó brevemente en segundo lugar, desplazando a Rueda de las posiciones de clasificación, y luego sufrió una caída en la curva dos. Joel Kelso (CFMoto Racing PrüstelGP) superó a Furusato con seis minutos restantes para convertirse en el nuevo líder. Al mismo tiempo, su compañero de equipo, Xavi Artigas, se colocó en tercer lugar.
A pesar de las mejoras en los tiempos de vuelta, los cuatro primeros lugares se mantuvieron sin cambios, con Kelso, Furusato, Artigas y Farioli ocupando esas posiciones.
Sin embargo, esto cambió en los últimos dos minutos cuando Rossi (SIC58 Squadra Corse/Honda) se convirtió en el nuevo líder, y Rueda se colocó en cuarto lugar. Como resultado, Artigas quedó fuera de la zona de clasificación por 0.039s. Las posiciones no cambiaron más hasta el final, por lo que los últimos cuatro participantes en la Q2 son Rossi, Kelso, Furusato y Rueda.
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