Por primera vez en su carrera, José Antonio Rueda partirá desde la posición de pole en Moto3. El piloto fue el más rápido en la sesión de clasificación del GP de Portugal, estableciendo un nuevo récord de vuelta en el circuito de Portimão.
El líder inicial de la sesión fue David Alonso (CFMoto Gaviota Aspar), con Rueda (Red Bull KTM Ajo) en segundo lugar y Matteo Bertelle (Rivacold Snipers Team/Honda) en tercero.
Las posiciones de los dos primeros se intercambiaron en las segundas vueltas rápidas: Rueda se colocó en la primera posición, intercambiando lugares con Alonso. El tercer puesto fue para Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3).
Después de ir a los garajes en la mitad de la sesión, los pilotos regresaron a la pista para los últimos cinco minutos. Joel Kelso (Boé Motorsports/KTM) volvió con un nuevo récord de vuelta para tomar la delantera.
El referente se estableció en 1m46.438s. Justo cuando parecía que Kelso iba a asegurar su primera pole position, Rueda tenía otros planes y superó al australiano por 59 milésimas para reclamar la pole position. El récord del circuito se estableció en 1m46.379s. Alonso, quien mejoró en su última vuelta, terminó tercero, a 0.118s del líder. Holgado fue cuarto, compartiendo la segunda fila con Riccardo Rossi (CIP Green Power/KTM) y Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP).