Álex Márquez führte das Training für den MotoGP Malaysian Grand Prix an. Der spanische Fahrer war von Anfang an einer der schnellsten und bestätigte seine Spitzenposition, zusammen mit Jorge Martín, indem er eine Runde in 1m57s absolvierte.
Nach den ersten fliegenden Runden führte Marc Márquez (Repsol Honda) vor seinem Bruder Álex Márquez (Gresini/Ducati) mit nur 44 Tausendstelsekunden. In den zweiten Versuchen kehrten sich die Positionen um, während Johann Zarco (Prima Pramac/Ducati) Dritter wurde, aber später von seinem Landsmann Fabio Quartararo (Monster Energy Yamaha) überholt wurde. In den ersten zehn Minuten stürzte Aleix Espargaró (Aprilia) ohne größere Folgen.
Etwa 20 Minuten in die Session hinein tauchte ein neuer Führender auf: Martín (Prima Pramac/Ducati) war 0,182s schneller als Álex Márquez. Kurz zuvor hatte Miguel Oliveira (CryptoDATA RNF MotoGP Team/Aprilia) die Top-Fünf-Positionen erreicht, zu denen später auch Maverick Viñales (Aprilia) stoßen würde.
Etwa 15 Minuten vor der Zielflagge verbesserte sich Zarco auf nur sieben Tausendstelsekunden hinter Martín, und Quartararo stieg auf den dritten Platz auf. Aber Brad Binder (Red Bull KTM) war zu diesem Zeitpunkt der Schnellste… für kurze Zeit, bevor Quartararo um 0,094s schneller war. Nicht resigniert, eroberte der Südafrikaner kurz darauf die Führung zurück. In der Zwischenzeit erlitt Aleix Espargaró (Aprilia) seinen vierten Sturz des Tages.
Die Situation auf der Zeittafel dauerte nicht lange an, da Álex Márquez die Führung zurückeroberte. Es war jedoch noch viel Zeit übrig, und erst in den letzten zwei Minuten tauchten die besten Rundenzeiten auf. Martín war der erste, der die 1m57s erreichte, aber letztendlich war es Álex Márquez, der das Tempo vorgab und seinen Landsmann um 0,174s schlug.
Red Bull KTM hat gut abgeschnitten, mit Jack Miller auf dem dritten Platz und Brad Binder auf dem vierten Platz, während Viñales den fünften Platz belegte. Bagnaia, der Führende in der Meisterschaft, konnte nur den achten Platz erreichen, sicherte sich aber dennoch einen direkten Platz in der zweiten Qualifikationsrunde. Der letzte Fahrer, der dies geschafft hat, war Zarco, der nur 84 Tausendstelsekunden vor Morbidelli auf dem zehnten Platz landete. Zu den Fahrern, die in die Q1 abgestiegen sind, gehören beide Repsol Honda-Fahrer, Marc Márquez und Joan Mir, sowie Enea Bastianini (Ducati) und Aleix Espargaró.