Luca Marini und Enea Bastianini waren die schnellsten Fahrer in der ersten Phase der Qualifikation beim MotoGP Indonesian GP in Mandalika und sicherten sich die letzten Plätze im Kampf um die Pole-Position. Der Meisterschaftsführende Francesco Bagnaia verpasste diese Gelegenheit.
Nach den ersten gezeiteten Runden belegten Marini (Mooney VR46 Racing Team/Ducati) und Johann Zarco (Prima Pramac/Ducati) die Qualifikationsplätze, während Bagnaias (Ducati) Rundenzeit annulliert wurde.
Zarco übernahm die Führung, indem er seine Zeit verbesserte, während Franco Morbidelli (Monster Energy Yamaha) beim zweiten Versuch den zweiten Platz belegte. Bagnaia landete mit nur 0,006 Sekunden Rückstand auf dem dritten Platz.
Kurz vor Ablauf von drei Minuten änderten sich die Positionen erneut, als Marini auf den ersten Platz vorrückte und Bagnaia auf den zweiten Platz verdrängt wurde, bevor sein Teamkollege Bastianini ihn überholte.
In den Qualifikationspositionen gab es keine weiteren Änderungen, die von Marini und Bastianini gehalten wurden. Bagnaia verpasste den Einzug in Q2 um 0,099 Sekunden und wird vom 13. Platz aus starten. Zarco stürzte kurz vor Schluss und schied ebenfalls aus, sicherte sich jedoch den 14. Platz auf der Startaufstellung vor Morbidelli.
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