Taiyo Furusato fue el más rápido en la segunda práctica del Gran Premio de Malasia de Moto3. Sin embargo, el piloto no pudo superar los mejores tiempos de la sesión de apertura en Sepang.
El líder inicial fue Jaume Masiá (Leopard Racing/Honda), con una ventaja de más de medio segundo sobre Stefano Nepa (Angeluss MTA Team/KTM). Algunos pilotos vieron canceladas sus primeras vueltas rápidas debido a las banderas amarillas resultantes del accidente de David Muñoz (BOE Motorsports/KTM).
Mientras Masiá fortalecía su posición, Deniz Öncü (Red Bull KTM Ajo) se convirtió en el piloto en segundo lugar antes de adelantar al rival. Kaito Toba (SIC58 Squadra Corse/Honda) estaba en tercer lugar en este punto antes de perder posiciones ante algunos rivales. Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) subió al tercer lugar.
Pasaron varios minutos sin cambios significativos en la hoja de tiempos. Los tres primeros fueron los únicos que habían registrado vueltas en 2m13s en estos primeros ataques al cronómetro.
Se produjeron cambios de liderazgo a falta de seis minutos, con Daniel Holgado (Red Bull KTM Tech3) superando a Öncü poco antes de ser superado por Ayumu Sasaki (Liqui Moly Husqvarna Intact GP). Ambos pilotos marcaron vueltas en 2m12s. En los minutos siguientes, hubo muchos más cambios en la hoja de tiempos.
Holgado fortaleció su liderazgo pero fue superado posteriormente por Furusato (Honda Team Asia) y Matteo Bertelle (Rivacold Snipers Team/Honda). Hasta el final, nadie superó a Furusato, quien lideró la sesión a pesar de terminar con una caída.
Alonso se acercó, a 37 milésimas de segundo, con Bertelle en tercer lugar. Holgado y Adrián Fernández (Leopard Racing/Honda) completaron los cinco primeros. Masiá terminó en séptimo lugar y no mejoró su tiempo de la primera práctica, pero su tiempo en esa sesión fue el mejor del día.
Hoja de tiempos P2:
Tiempos combinados P1 + P2: