Pour la première fois de sa carrière, José Antonio Rueda partira en pole position en Moto3. Le pilote a été le plus rapide lors de la séance de qualifications du GP du Portugal, établissant un nouveau record du tour sur le circuit de Portimão.
Le premier leader de la séance était David Alonso (CFMoto Gaviota Aspar), avec Rueda (Red Bull KTM Ajo) en deuxième position et Matteo Bertelle (Rivacold Snipers Team/Honda) en troisième.
Les positions des deux premiers ont changé avec les deuxièmes tours rapides : Rueda est passé en tête, échangeant sa place avec Alonso. La troisième place a été prise par Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3).
Après être entrés dans les stands en milieu de séance, les pilotes sont retournés en piste pour les cinq dernières minutes. Joel Kelso (Boé Motorsports/KTM) est revenu avec un nouveau record du tour pour prendre la tête.
La référence a été établie à 1m46.438s. Juste au moment où il semblait que Kelso allait sécuriser sa première pole position, Rueda avait d’autres plans et a surpassé l’Australien de 59 millièmes pour revendiquer la pole position. Le record du circuit a été établi à 1m46.379s. Alonso, qui s’est amélioré lors de son dernier tour, a terminé troisième, à 0.118s du leader. Holgado était quatrième, partageant la deuxième ligne avec Riccardo Rossi (CIP Green Power/KTM) et Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP).